不可否認的是，南北車的合并要具體到操作層面的整合，確實還有諸多難題需要解決。南北車合并方案出臺后，不少人質疑，南北車都是大型的央企，合二為一后從高層、組織架構到人員調整都會有很大的變化，這些問題一旦解決不好，就會成為南北車合并后的阻礙。
中投顧問交通行業研究員蔡建明則指出，股權調整、人事調整、財務整合、市場整合等諸多細則性工作都需慎重開展，南北車合并并非簡單的企業融合，兩大巨頭下屬子公司能否有效對接才是關鍵。畢竟，央企頂層調整將再度考驗有關部門對宏觀經濟、國有企業、實體經濟的趨勢研判能力及實際操作能力。
還有媒體曝出，如今南北車合并一事遲遲沒有動靜，是因為兩個企業的高層在競爭管理層的官位，等一切塵埃落定后，才可能正式合并。
有學者認為，短期來看，南北車合并后面臨的首要問題是如何安排管理層，如何對企業進行統一管理，如何在這一問題上做到公平、公正。
而一些企業的高管則認為，南北車合并后續的人事安排是整合的重點和難點，首先就是集團總部的高管配備。由于兩家公司都涉及兩個層面的操作，即集團層面和上市公司層面，組織機構復雜，確定領導班子就是首要的難點。
一名接近南北車的消息人士則告訴時代周報記者，兩個企業之間怎么合并，市場層面并不會有太大的問題，就是行政層面比較難，“這是個難題，是要首先攻克的。”他說，之所以說資本市場的問題基本為零，是因為這次南北車復牌后的資本市場都是由大型的私募基金在做，和政策和公司層面沒有什么關系，“南北車的股票從復盤漲了不少漲停板，純屬莊家在自己操作。”
王夢恕則告訴時代周報記者，據他所知，中車集團的領導都是國資委指派的，根本不存在兩個企業的領導競爭一說。“領導確定了，其他什么事情都好辦了。”
根據王夢恕的說法，此次中車集團的最高領導并不是在南北車現有的高層中產生，而是由國資委直接確定人選，就是所謂的“空降兵”。
而多個信息源交叉比對后的結果顯示，國資委或許會為中車集團的高層確定兩個人選，兩人年紀均在50-60歲之間。一是董事長，從國資委或者發改委中選取有企業管理經驗的人員擔任，另一名是副職，任職的標準為年富力強，有沖勁、有闖勁。
一波再起
合并之事尚未有最終的結果，南北車卻以內幕交易再次引起了廣泛的關注。
根據中國南車和中國北車在發布合并預案時披露的“本次交易相關人員買賣上市公司股票的自查情況”顯示，中國北車董事長崔殿國停牌前的半年內累計買入中國南車A股1.5萬股，均價5.14元，累計賣出中國南車A股5萬股，均價5.96元；中國北車總裁奚國華[1.28%]累計買入中國南車A股1.92萬股，均價4.17元，其配偶累計買入中國南車A股1.5萬股，均價4.19元，累計賣出中國南車A股2.5萬股，均價5.98元；中國北車資本運營部部長鄢德佳買入中國南車A股1.5萬股，均價4.42元，其配偶累計買入中國南車A股1.5萬股，均價4.43元。
這一信息被媒體披露后，1月13日晚間，中國南車及中國北車再次雙雙發布公告，否認了存在內幕交易的行為。
中國南車公告表示：“本公司董事、監事及高級管理人員并未在核查期間買賣本公司及/或中國北車股票。”
對于涉事的相關人員買賣股票的行為，中國南車稱是“依據其對證券市場、行業的判斷和對本公司及/或中國北車股票投資價值的判斷而為，純屬個人投資行為，與本次重組不存在關聯關系”。
而中國北車的公告在詳細解釋了本公司相關內外部人員股票買賣行為相關的細節的基礎上，得出了最終的結論，即相關人員是在并不知悉重組相關信息的情況下進行股票買賣的，并且這一行為也是依據價值投資的分析和自身判斷進行，與重組并不存在關聯。
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